手术器械上沾染的污垢有血液、脂肪，细菌感染产生的脓液，消化液，人体组织的碎片以及各种蛋白质污垢等。
手术器械的清洗通常也采用手洗和浸泡清洗，循环清洗等方式，并且也利用喷射和超声波等手段。
使用的清洗剂主要是表面活性剂清洗剂。使用超声波清洗时注意要使用低泡的清洗剂。
对于沾有血污的手术器械要用水浸泡将血污去除，防止血污在70℃以上温度处理时固化变性而难以去除。
含有传染病菌的器械要做消毒处理。
一般用3%浓度的苯酚液浸泡24h或用3%～5%浓度甲酚皂液浸泡12h。
手术器械清洗后必须做灭菌处理，通常采用的灭菌措施包括：沸水灭菌、干热灭菌、高压蒸汽灭菌、紫外灯照射灭菌、杀菌剂药液浸泡（如用季铵盐阳离子杀菌剂等）以及用甲醛、环氧乙烷等气体灭菌。